反渗透装置的运行注意事项如下：

1. 醋酸纤维素膜的水解易造成反渗透装置的性能恶化，为此，必须严格控制水的PH值，给水的PH值必须维持在5~6，而复合膜可以在给水PH3~pH11范围下运行。
2. 当注入的次氯酸钠量不足而使给水中的游离氯不能测出时，在反渗透装置的膜组件会有黏泥发生，反渗透装置的压差将增大。但对于复合膜和聚酰胺膜来讲，必须严格控制进入膜组件的游离氯量，超过规定值将导致膜的氧化分解。
3. 若把FI值超标的水供给给反渗透装置作为给水，在膜组件的表面将附着污垢，这样必须通过清洗来去除污垢。
4. 过量的给水流量将使膜组件提前劣化，因此给水流量不能超过设计标准值。此外浓水的流量应尽量避免小于设计标准值，在浓水流量过小的条件下运转，会使反渗透装置的压力容器内发生不均匀的流动及由于过分浓缩而在膜组件上析出污垢。
5. 反渗透装置的高压泵即使有极短的时间中断运转都可能使装置发生故障。
6. 反渗透装置入口压力要保持有适当的裕度，否则由于没有适当的压实，除盐率会降低。
7. 反渗透装置停止时应用低压给水装置换反渗透装置内的水。这是为了防止在停运时二氧化硅的析出（在冬季时水温下降之故）。
8. 需经常注意精密过滤器的压差。出现压差急剧上升的原因主要是精密过滤器浑浊度的泄漏。相反，出现压差急剧下降的原因是精密过滤器元件的破损，以及精密过滤器元件紧固螺丝松动等。
9. 当反渗透装置入口和出口的压差超过标准时，说明膜面已受污染或者是给水流量在设计值以上，如经流量调整尚不能解决压差问题，则应对膜面进行清洗。
10. 在夏天给水温度高，产水的流量就过多，有时不得不降低操作压力，这样做将导致产水水质下降。为了防止这一点，可减少膜组件的根数，而操作压力仍保持较高的水平。